साल 2013 में बिजनेस टुडे मैगजीन ने महेंद्र सिंह धोनी की एक तस्वीर अपने कवर पेज पर छापी थी, धोनी इसमें भगवान विष्णु के अवतार पर नजर आ रहे थे, इसके बाद उनकी जमकर आलोचान हुई थी।
बता दें कि आईपीएल के 8वें सीजन के क्वालिफायर मैच में हुई अंपायरिंग को लेकर धोनी ने मैच खत्म होने के बाद तीखी आलोचना की थी, जिसके बाद धोनी पर मैच फीस का 10 प्रतिशत फाइन लगाया गया था।
साल 2009 में खबरें आई थी कि विवाद के चलते धोनी अपनी टीम से वीरेंद्र सहवाग को बाहर करना चाहते हैं। पर इसके कुछ समय बाद ही धोनी ने मीडिया में इस विवाद को 'बकवास' करार दिया था।
साल 2013 में चेन्नई सुपर किंग्स पर स्पाॅट फिक्सिंग के चलते दो साल का बैन लगा था, और गुरुनाथ मयप्पन के सट्टेबाजों के साथ संबंध होने पर धोनी से पूछताछ भी की गई। इसके बाद कयास लगाए जा रहे थे कि धोनी का क्रिकेट करियर खत्म हो सकता है, पर ऐसा नहीं हुआ।
बता दें कि धोनी ने साल 2019 वर्ल्ड कप में बलिदान बैज के ग्लव्स साउथ अफ्रीका के खिलाफ मैच में पहने थे, जिसको लेकर पाकिस्तान ने आईसीसी से शिकायत की थी, जिसके बाद मामला गर्मा गया था।